据《重修头门三元殿碑记》载：三元宫最盛时期建有近十座大殿，占地面积多平方米。今三元宫座北向南，依山而建，现存山门、三元殿，新祖堂和鲍姑殿等，总建筑面积约平方米。三元宫作为道教的道场，其主殿供奉的是尧、舜、禹三元大帝。道教称天、地、水为三元。其中尧帝为天官主天；舜帝为地官主地；禹帝为水官主水。
三元宫老君殿供奉的是太上老君，即老子。老子是中国历史上著名的人物。他是春秋战国时期的大思想家、道家的创始人，姓李名耳，字伯阳，又称老聃。主要著作《老子》，亦称《道德经》，《老子五千文》。到东汉张道陵创立的五斗米道定型为道教，张角创立太平道与五斗米道同为早期的两大派别开始，老子被老君殿供奉塑像并根据他骑青牛西出函谷关传道的典故，而在塑像旁塑立一只青牛。
三元宫吕祖殿是供奉道教八仙之一的吕洞宾的塑像。吕洞宾历史上实有其人，名岩，号纯阳子，故又称其为吕纯阳。他是唐末著名道士，因累试不中，深感失望而浪迹江湖，寄情山水，研讨道家学说，在游历途中被八仙之一汉钟离所赏识，赠以丹诀，曾一度隐居终南山中修道炼丹，后又游历各地。他放荡形骸，不拘小节。他一生充满传奇，相传在江淮斩蛟，在岳阳弄鹤，客店长醉不醒，又到广东超度何仙姑升仙等。他是八仙中最浪漫，传说最多的一位，被道教全真道尊为北五祖之一，称吕祖。过去广州人十分崇敬吕祖，除三元宫建有吕祖殿供奉外，在今海珠区五凤村东漱珠岗上还有一座规模颇大的纯阳观。
三元宫与三元宫关系密切的传奇人物有鲍靓、葛洪、鲍姑等。他们在广州历史上占有一定的地位，而且在民间有广泛的影响，深受广州人民的怀念。他们在广州、广东的传奇传说至今尚流传于民间。
三元宫葛洪字雅川，号抱朴子，江苏句容人，其祖父曾任三国时期吴国大鸿胪、辅吴将军等高官要职，其父为吴国太守，司马氏统一三国建立晋朝后，改投晋朝，官至大都督。葛洪父母早丧，家道中落。他聪明过人，从小受书香世家熏陶，又勤奋好学，博览群书，文武双全，立志重振家风光宗耀祖，因而投笔从戎，参加镇压农民起义，因战功赫赫，被封为伏波将军，赐关中侯。然而，他毕竟是书生出身，饱读诗书，又喜好神仙养气、炼丹之术，又对时局深感失望，因而辞官向当时著名道士郑隐学习炼丹之术，后来又南下岭南番禺，拜南海太守鲍靓为师，并与其女鲍姑结婚，婚后两夫妇志同道合，夫唱妇随，共同研究丹术和医道，为广州人民治病，后来携妻同往罗浮山，隐居朱明洞。丹术医道均有大成，有《抱朴子》、《金匮药方》、《肘后备急方》等有关道家、炼丹、医术的名著。其中《抱朴子内经》整理并阐述前代流传的神仙方术理论，丰富了道教的神仙思想。
三元宫葛洪是炼丹家，实是我国古代一位很有成就的大化学家。他炼丹一般使用丹砂、雄黄、铅丹、硝石、矾石、云母等做原料，以“丹砂化汞”原理，在煅烧丹砂的实验时发现“丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂”，亦即硫化汞的化学作用的可逆性。还发现“铅性白也，而赤之以为丹；丹性赤也，而白之以为铅”，即道家所称之黄丹。又发现“以曾青涂铁，铁赤色如铜”，即道家称之“点石成金”的“法术”。后来他还练制出金黄色的炼丹家称之为“金丹”的铜汞砷混合物。他在炼丹技术上最大的成就是以硫黄、丹砂、锡等矿石，炼制出“金液”，即金黄色的硫化髙锡之悬浮物。
三元宫葛洪在炼丹过程中所应用和发展的化学反应之原理和方法，在中外化学史上占有重要的地位。葛洪和其妻子鲍姑一生中大部分时间都用于医学上，是名副其实的医学家和药物学家。他阅读了前代几乎所有医书和药典，采集药草药石，行医济世，至今在罗浮山上还遗存他当年洗药的洗药池。他对瘟病沙虱病病理的研究达到很高的水平，对流行病、寄生虫病及临床医学的研究成果，对后代医学的发展作出了重要的贡献。
三元宫鲍姑，生卒年月不祥，魏晋时南海太守鲍靓之女，名潜光，从小深受道教的影响，并在其父的教导和影响下学习炼丹术和医术，均有很高的造诣。在传说中她是一位传奇女性。葛洪辞官学道，研究炼丹之木，他慕鲍靓之名，从江苏南来拜鲍靓为师，学习炼丹术和医术。他学识广博，多才多艺，又有仙风道骨之貌，因而深得鲍靓的赏识，不但倾尽所能，深加指导，而且将爱女鲍姑许配给他。他虽然年近不惑，但尚未娶妻，鲍姑年方十八，清丽脱俗，外秀慧中又有道家风范，因此欣然应允，与鲍姑结为夫妇。婚后，夫妇两人在鲍靓的指导下共同研究炼丹术和医术。
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